Les Etats membres de l’Union européenne ne siègent pas individuellement dans ces organisations, mais y sont représentés par la Commission européenne puisque celle-ci dispose de la compétence en matière de représentation extérieure de l’Union.

Ces organisations régionales de gestion des pêches adoptent en leur sein des recommandations qui s’appliquent alors aux pêcheurs des Etats qui y siègent. A titre d’exemple, l’ICCAT est responsable de la gestion du thon rouge de l’Atlantique Nord Est et de méditerranée et fixe les quotas autorisés à pêcher ainsi que leur répartition entre Etats. L’Union européenne adopte un règlement afin de répartir le TAC qui lui a été attribuée entre les Etats membres concernés par la pêche du thon rouge.

Au niveau européen, les acteurs de la gestion des pêches ont évolué au gré de la construction de l’Union européenne.

Le Traité de Lisbonne a marqué en 2012 un tournant significatif dans les relations institutionnelles européennes. Ainsi, avant son entrée en vigueur, la Commission et le Conseil étaient les deux organes décisifs de l’élaboration de la gestion des pêches, le Parlement européen n’émettant que des avis. Avec l’entrée en vigueur du Traité de Lisbonne, le Parlement fait désormais partie intégrante de la procédure de l’élaboration des règlements puisqu’il prend part à la décision.

Ainsi, pour résumer actuellement la répartition des rôles au niveau communautaire : la Commission européenne dispose du pouvoir d’initiative des règlements. C’est donc elle qui propose au Parlement et au Conseil les futurs règlements ; lorsqu’un texte est adopté selon la procédure ordinaire : le Parlement et le Conseil sont tous les deux compétents pour adopter la proposition de la Commission. On appelle cela la « codécision ». Cette procédure s’applique à la plupart des règlements concernant la pêche ; lorsqu’un texte est adopté selon la procédure extraordinaire (pour la fixation des TAC et quotas uniquement) : seul le Conseil dispose du pouvoir d’adoption.

L’autorité en France responsable de la gestion des pêches est le Ministre en charge de ce portefeuille. Les organisations de producteurs sont compétentes en termes de gestion des quotas et de délivrance des autorisations de pêche des espèces soumises à ces quotas, par délégation de l’Etat.

Il peut également mettre en œuvre des mesures de gestion nationales lorsqu’elles vont plus loin que les prescriptions communautaires. Si ces règles devaient s’appliquer à des navires d’autres Etats membres de l’Union, l’Etat doit alors se concerter avec ces derniers. La nouvelle PCP va même plus loin en parlant de « régionalisation » et contraignant les Etats à se mettre d’accord entre eux pour adopter des mesures d’application de la PCP communes.